Ты в бегах. За тобой безжалостно охотится правительство, которому ты когда-то служил. Ключ к твоему выживанию – импровизация и адаптация. Удовольствие, которые ты получишь от этой игры, соткано из элементов серии Splinter Cell и новой особенности: полное взаимодействие с окружающей средой.

После событий, имевших место в Splinter Cell: Double Agent, Сэм Фишер оказывается предоставлен сам себе. Те, на кого он раньше работал, объявили нашего героя вне закона, поэтому бывший агент «Третьего Эшелона» вынужден скрываться.