Действие Deux Ex 2: Invisible War разворачивается спустя двадцать лет после событий, отражённых в первой части игры. Вы по-прежнему выступаете в роли Алекса, которому и на этот раз предстоит бороться со злом. После глобальных миров катастроф, произошедших в результате технологического прорыва, человечество начало восстанавливать мир буквально из пепла.