Роман Трахтенберг родился и вырос в еврейской семье. Мать — стоматолог Татьяна Львовна, отец — Лев Глебович Горбунов, хотя сам Роман называл отцом сексолога и психотерапевта Льва Моисеевича Щеглова (после смерти Трахтенберга Л. М. Щеглов отказался от родства, назвав эти сведения мистификацией).