Согласно сюжету игры события происходят в 2084 году. Протагонист управляет секретной организацией, цель которой — защита Земли от пришельцев.
UFO: Alien Invasion — это игра на стыке двух жанров — стратегии в реальном времени и тактической ролевой игры, созданная в традиции старых игр серии X-COM, но со своими особенностями.