Сюжет разворачивается в конце 2020-х годов. Развитие науки и техники привели к значительной кибернетизации общества. Практически каждый человек получил возможность во много раз усилить свои способности путем вживления в свое тело имплантатов. Но за все приходится платить, и человечество теперь попало в тотальную зависимость от транквилизаторов, которые надо принимать регулярно, чтобы не произошло отторжения чужеродных механизмов. В игре Deus Ex: The Fall Вам предстоит взять на себя роль Бена Саксона, на плечи которого ложится сразу несколько задач. Надо проверить информацию, согласно которой всем людям со вживленными имплантатами грозит смертельная опасность. Также надо найти своих обидчиков, которые во времена работы главного героя в спецслужбах жестоко подставили его, практически сломав его жизнь.