Действие игры происходит в 2010 году. После событий, произошедших в первой части, прошёл один год, а в городе Эдвард-сити продолжают проводиться эксперименты с «третьей энергией». Один из них не удаётся и весь город отправляется назад во времени, попадая в доисторические джунгли.