Автоботы и десептиконы покинули планету, оставив человечество собирать ее по кусочкам. Между тем группа могущественных бизнесменов и гениальных ученых пытается извлечь уроки из ошибок прошлого и улучшить технологии до такой степени, чтобы выйти за пределы контролируемого ранее. В это время другая группа — древних мощных трансформеров — берет Землю под прицел.

Cпустя два года после потери Мегатрона, своего лидера, десептиконы незаметно набрали силу. Несмотря на постоянные распри, они сумели восстановить мощь под руководством коварного и амбициозного Старскрима.
Между тем автоботы установили тайный альянс с секретной военной организацией НЕСТ, чтобы сдерживать натиск десептиконов и сохранить мир на Земле.

Для наших героев наступили печальные будни: Сэм потерял Микаэлу, правительство выпускает законодательный акт о выселении Автоботов с Земли, а пока Мегатрон скрывается после позорного поражения Фоллена, десептикон Шокуэйв, правитель Кибертрона, готовится нанести визит нашей планете с совсем не добрыми намерениями. Действие заключительной части трилогии на этот раз охватит не только Землю, но и Луну, темная сторона которой хранит не менее темные тайны.