Минуло 10 лет после событий первой части игры. В то время вам необходимо было вступать в схватку с здоровенными Большими Папочками в глубоководных гидрокостюмах, чтобы забрать АДАМ от Маленьких Сестричек. Во второй части игры вы узнаете, что значит быть Большим Папочкой. Конечно, знаменитый бур будет доступен сразу после начала игры, но для его вращения требуется горючее. Подводный город Восторг сильно разрушился, многие секторы затопило, но вы же в гидрокостюме. Ваша дочь похищена и необходимо немедленно отправляться на поиски!

Игра начинается с крушения авиалайнера в воды Атлантического океана. Единственный выживший - человек по имени Джек. За него вы и будете играть. Вынырнув из воды, Джек видит горящие обломки самолёта и маяк неподалёку. Зайдя внутрь маяка он обнаружил батисферу, которая доставила его в огромный город, находящийся на дне океана. Вдруг, по радиосвязи с Джеком начал разговаривать человек по имени Атлас. Главный герой ещё не знает какие трудности и открытия его ждут: невменяемые местные жители, турели, Большие Папочки, Маленькие Сестрички, камеры наблюдения и многое, многое другое.